申请EDI许可证的费用因地区、服务商和具体的服务内容而异。

一般来说，办理EDI许可证的费用大致在5000元至2万元人民币之间。这个费用区间反映了不同地区通信管理局对EDI许可证申请要求的差异，从而导致办理难度和代理服务费用的波动。例如，在上海、广州、深圳等地，由于办理条件的复杂性，费用可能会相对较高；而在其他地区，费用则相对较低。

此外，企业在办理EDI许可证过程中，除了需要支付代理服务费外，还可能涉及其他第三方费用，如公证费、审计费等。另外，还需缴纳其他相关费用，如企业工商注册变更费、社保登记变更费、税务登记变更费、域名注册费以及服务器租赁费用等。

请注意，以上信息仅供参考，具体费用可能会因地区、政策、申请材料的复杂程度等因素而有所不同。建议在申请前详细咨询当地相关部门或专业机构，以获取最准确的信息。