申请EDI许可证需要准备的材料主要包括以下几个方面：

一、公司基本资料

1. 公司法定代表人签署的经营增值电信业务的书面申请：该申请应明确申请经营的电信业务种类（明确为EDI业务）、业务覆盖范围、公司名称、联系方式等。

2. 公司营业执照副本及复印件：证明企业的合法身份和经营资质。

3. 公司概况：包括公司基本情况介绍，以及拟从事电信业务的人员、场地和设施等情况。

4. 公司章程：需加盖工商局档案查询章原件，以证明公司的组织结构和内部管理规定。

5. 公司股权结构及股东的有关情况：包括股权结构图，由法人签字并公司盖章，清晰展示公司的股权分布。同时，需要提供股东证件扫描件，股东为个人则提供身份证，股东为企业则提供营业执照副本。

二、技术与设施资料

1. 业务发展和实施计划及相关技术方案：详细阐述公司EDI业务的发展计划、实施步骤和技术方案。

2. 网络与信息安全保障措施：提供健全的网络与信息安全保障措施，确保用户数据的安全和隐私。

3. 域名注册证书：提供公司所使用域名的注册证书，证明域名的合法性和有效性。

4. 服务器托管协议及托管商资质：如果企业网站的服务器是托管的，需要提供托管协议彩色扫描件和托管商IDC+ISP（互联网数据中心+互联网接入服务）资质证书扫描件。

三、人员与社保资料

1. 公司法定代表人身份证：提供公司法定代表人的二代身份证正反面复印件。

2. 公司员工社保证明：提供至少3名（部分省份要求8名或更多）公司员工的社保明细，证明企业已为员工缴纳社保，且员工数量符合规定。社保明细需加盖社保查询章，并确保在申请前的一个月或三个月内有效（根据省份要求不同而定）。同时，需要提供这些社保人员的联系方式，包括手机号、邮箱号等。

四、其他资料

1. 为用户提供长期服务和质量保障的措施：阐述企业如何为用户提供长期服务和质量保障。

2. 公司法定代表人签署的公司依法经营电信业务的承诺书：承诺遵守相关法律法规和政策要求。

3. 已获得的电信业务经营许可证（如有）：如公司已获得其他电信业务经营许可证，需提供其正文页、附页、特别规定事项和年检记录页等。

4. 主管部门前置审批文件（如有）：如公司所从事的电信业务需经有关主管部门事先审核同意的，应提交相关主管部门审核同意的文件。

五、注意事项

1. 申请材料必须真实有效，任何虚假信息都可能导致申请失败或受到处罚。

2. 在申请前，企业应深入了解相关法律法规和政策要求，确保申请材料的准确性和合规性。

3. 如需委托第三方代理办理EDI许可证，应确保代理机构具有相应的资质和经验，并与其签订正式的委托协议。