高新技术企业的申请流程通常包括以下步骤：

一、企业自评

企业需对照高新技术企业的认定条件进行自我评价，确保自身符合认定标准。这一步骤是申请流程的基础，有助于企业了解自身在技术创新、研发投入、知识产权等方面的实际情况，为后续申报工作做好准备。

二、注册登记

1. 登录网站：企业登录“高新技术企业认定管理工作网”（www.innocom.gov.cn），进入企业申报窗口。

2. 填写注册表：按要求填写《企业注册登记表》，并通过网络系统提交至认定机构。认定机构会核对企业注册信息，并在网络系统上确认激活。

3. 完善信息：激活后，企业需进一步完善企业基本信息，并保存打印相关表格提交至地方认证机构。

三、准备并提交申报材料

企业根据认定要求，准备并提交以下申报材料：

1. 高新技术企业认定申请书：在线填写并打印，需签名、加盖企业公章。

2. 企业营业执照等相关注册登记证件的复印件：需加盖公章。

3. 知识产权相关材料：包括知识产权证书、反映技术水平的证明材料、参与制定标准情况等。

4. 科研项目立项证明：省级（含计划单列市）以上科研项目立项证明，对已验收或结题项目需附验收或结题报告。

5. 科技成果转化材料：包括总体情况与转化形式、应用成效的逐项说明。

6. 研究开发组织管理材料：总体情况与五项指标符合情况的具体说明。

7. 高新技术产品（服务）材料：关键技术和技术指标的具体说明，相关生产批文、认证认可和资质证书、产品质量检验报告等材料。

8. 企业职工和科技人员情况：包括职工总体情况说明与科技人员名单。

9. 财务审计报告和专项审计报告：

• 近三个会计年度研究开发费用专项审计或鉴证报告。

• 近一个会计年度高新技术产品（服务）收入专项审计或鉴证报告。

• 近三个会计年度的财务会计报告（包括会计报表、会计报表附注和财务情况说明书）。

• 近三个会计年度企业所得税年度纳税申报表。

四、提交申请

企业将申报表和材料提交至所在区（县）科技行政主管部门或指定机构。提交方式通常为线上提交和线下递交书面材料相结合。

五、审核评审

1. 区县初审：科技部门会同同级财政、税务部门对申报资料进行初审，包括资格条件、申报资料完整性、专项审计报告或鉴证报告、财务会计报告及中介机构条件等事项。必要时，可进行现场核查。

2. 区县推荐：初审通过后，科技部门会出具推荐函，并将推荐函与企业申报资料报送至市高新技术企业认定管理机构办公室。

3. 组织评审：市高企认定办公室组织专家进行评审，一般采用集中网评方式。

4. 实地抽查：对通过专家评审的企业，市高企认定办公室会筛选抽查部分企业，进行实地现场核查。

六、认定报备与公示

1. 认定报备：通过专家评审和实地抽查的企业，市高企认定办公室将办理认定报备手续。

2. 公示公告：认定报备的企业名单将在“高新技术企业认定管理工作网”等指定媒体上公示10个工作日。期间，如有异议，需以书面形式实名向领导小组办公室提出，由认定机构核实处理。

七、颁发证书

公示无异议的企业将获得高新技术企业认定证书，正式成为高新技术企业。

以上流程仅供参考，具体流程可能因地区和政策的不同而有所差异。企业在申请过程中应密切关注相关政策通知和要求，确保申请工作的顺利进行。