医疗器械经营许可证和医疗器械经营备案凭证在多个方面存在显著的区别，以下是详细的比较：

1. 经营对象不同：

• 医疗器械经营许可证：主要针对第三类医疗器械的经营企业。第三类医疗器械是指具有较高风险，需要采取特别措施严格控制管理以保证其安全、有效的医疗器械。

• 医疗器械经营备案凭证：主要针对第二类医疗器械的经营企业。第二类医疗器械是具有中度风险，需要严格控制管理以保证其安全、有效的医疗器械。经营第一类医疗器械无需许可和备案。

2. 申办条件不同：

• 医疗器械经营许可证：申办条件较为严格，要求质量管理人员需在职在岗，不得兼职。此外，从事第三类医疗器械经营的企业还应具有符合医疗器械经营质量管理要求的计算机信息管理系统，保证经营的产品可追溯。

• 医疗器械经营备案凭证：申办条件相对较为宽松，质量管理人员可以兼职。

3. 申办程序不同：

• 医疗器械经营许可证：申办程序较为复杂，需要向所在地设区的市级人民政府负责医疗器械监督管理的部门提交规定条件的有关资料。受理部门对申请资料进行审查，必要时组织上门核查，并自受理申请之日起20个工作日内作出决定。

• 医疗器械经营备案凭证：申办程序相对简单，由经营企业向所在地设区的市级人民政府负责医疗器械监督管理的部门备案并提交规定条件的有关资料。资料符合要求的，当场发放备案凭证。

4. 有效期不同：

• 医疗器械经营许可证：有效期为5年。有效期届满需要延续的，依照有关行政许可的法律规定办理延续手续。

• 医疗器械经营备案凭证：无明确的有效期限制，可以视为永久使用。但企业仍需遵守相关法律法规，确保医疗器械经营活动的合法性和安全性。

5. 监管不同：

• 医疗器械经营许可证：由于第三类医疗器械具有较高的风险性，监管部门对经营第三类医疗器械企业的监管更为严格，检查的频次也更高。

• 医疗器械经营备案凭证：虽然监管力度相对较轻，但企业仍需遵守相关法律法规，确保医疗器械经营活动的合法性和安全性。

总结来说，医疗器械经营许可证和医疗器械经营备案凭证在经营对象、申办条件、申办程序、有效期和监管等方面均存在显著差异。企业在经营医疗器械时，应根据所经营的医疗器械类别和自身实际情况，选择适当的证件进行申请和办理。