若企业股东或主要管理人员存在三年内违反电信监督管理制度的违法记录，将直接影响EDI许可证的申请。

根据《中华人民共和国电信条例》及相关规定，申请EDI许可证的企业需满足“公司及其主要出资者和主要经营管理人员三年内无违反电信监督管理制度的违法记录”这一条件。此要求旨在确保企业具备合法合规的经营基础，避免因历史违规行为导致监管风险或损害用户权益。若相关人员存在此类记录，监管部门将认定企业不符合资质要求，直接驳回申请。

分析如下：

1. 合规性审查的严格性
   EDI许可证作为增值电信业务经营资质，其申请流程中明确要求企业提交主要出资人、股东及高管人员的无违法记录证明。监管部门通过此项审查，可有效过滤存在历史违规行为的企业，降低市场风险。

2. 违法记录的认定范围
   违法记录包括但不限于擅自经营电信业务、超范围经营、违反数据安全规定等行为。若企业主要人员曾涉及此类案件，即使已结案或接受处罚，仍将被视为不符合申请条件。

3. 对申请结果的影响
   此类违法记录属于“一票否决”项，监管部门不会因企业其他条件达标而放宽审查标准。若申请材料中隐瞒或伪造相关记录，企业还将面临更严厉的处罚，包括被列入失信名单或永久禁止进入电信业务市场。

建议：
企业需在申请前全面自查主要人员资质，确保无合规瑕疵。若存在历史记录，可通过人员变更或整改措施消除影响后重新申请。此外，企业应建立合规管理体系，定期审查人员资质，避免因人员变动导致申请受阻。

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