申请EDI许可证需要支付的费用因地区、服务商和具体的服务内容而异，无法给出一个统一的确切数字。然而，可以根据一般情况和相关参考信息，大致归纳出以下几个方面的费用：

一、行政事业性收费

这部分费用主要包括许可证申请费和年检费等。

• 申请费：根据不同地区和部门的收费标准，申请EDI许可证的费用一般在1000-5000元人民币之间。具体收费标准可以向当地通信管理局或相关部门咨询。

• 年检费：获得EDI许可证后，企业每年需要进行年检，年检费用一般在500元左右。

二、经营性收费

这部分费用主要根据企业规模、业务需求等因素而定，包括系统集成费、技术支持费、培训费等。

• 系统集成费：如果申请人需要将EDI系统与企业内部系统进行集成，需要支付一定的系统集成费用。这笔费用根据企业规模和系统复杂程度而定，一般在5000-20000元人民币之间。

• 技术支持费：在办理EDI申请过程中，申请人可能需要请教专业技术人员解决问题。技术支持费用根据问题的复杂程度和所需支持时间而定，一般每小时收费在100-300元人民币。

• 培训费：办理EDI申请时，申请人需要参加相关培训课程，以了解EDI的相关知识和操作技能。培训费用一般在1000-2000元人民币之间。

三、其他费用

除了上述费用外，还可能存在一些其他费用，如资料制作费、认证费用、咨询费用等。

• 资料制作费：申请人需要准备一系列的申请资料，如企业资质证明、申请书、业务计划等。这些资料的制作费用根据具体内容和数量而定，一般在500-1000元人民币之间。

• 认证费用：企业提供的相关证明（如企业营业执照、税务登记证等）需要通过机构或认证中心进行认证，因此需要支付一定的认证费用。

注意事项

• 实际费用可能因地区、部门和政策调整而有所不同，建议在申请前详细咨询当地通信管理局或相关部门。

• 企业在办理EDI许可证过程中，还需考虑其他相关费用，如企业工商注册变更费、社保登记变更费、税务登记变更费、域名注册费以及服务器租赁费用等，这些费用一般在几百元至数千元不等。

综上所述，申请EDI许可证的总费用可能在几千至几万元人民币之间，具体费用请以当地申请机构和相关政策为准。