申请高新技术企业的流程主要包括以下几个步骤：

一、自我评价

在申请高新技术企业之前，企业首先需要进行自我评价，确认自身是否满足高新技术企业的认定条件。这包括企业是否注册成立一年以上，是否拥有对其主要产品（服务）在技术上发挥核心支持作用的知识产权，以及企业的技术是否属于《国家重点支持的高新技术领域》等。

二、注册登记

完成自我评价后，企业需要在指定的网站上进行注册登记。通常，企业需要登录“科学技术部政务服务平台”（网址：https://fuwu.most.gov.cn/）或当地科技业务管理阳光政务平台（如广东省的http://pro.gdstc.gd.gov.cn/egrantweb/），按照要求填写企业注册信息，并进行实名认证。已完成注册的企业，可以使用原有的用户名和密码登录，无需重复注册。

三、网上填报

注册成功后，企业需要登录系统，在线填写《高新技术企业认定申请书》，并上传相关附件材料。这些材料通常包括企业营业执照、知识产权证书、研发人员名单及学历证明、研发活动证明材料、财务审计报告等。企业需要确保所填写信息的真实性和准确性，并按照系统要求逐项填写完毕。

四、提交纸质材料

在规定的时间内，企业需要将《高新技术企业认定申请书》和附件材料装订成册后，报送至本地区组织推荐单位。同时，企业还需要自留一份书面申请材料存档备查。需要注意的是，不同地区的具体要求可能有所不同，企业需要按照当地科技部门的要求进行操作。

五、区县初审与推荐

科技部门会同同级财政、税务部门会对企业提交的申报资料进行初审。他们会对企业资格条件、申报资料完整性、专项审计报告或鉴证报告、财务会计报告及中介机构条件等事项进行审查。初审通过后，科技部门会联合出具推荐函，并将推荐函与企业申报资料纸质件报送至市高新技术企业认定管理机构办公室。

六、组织评审与认定

市高企认定办公室将适时组织专家对通过初审的企业进行评审。评审通常采用集中网评的方式进行，专家会根据企业的申请材料和企业实际情况进行打分和评价。通过专家评审的企业，市高企认定办公室会按照一定比例筛选抽查企业名单，进行实地现场核查。最终，通过专家评审和实地抽查的企业将按规定即时办理认定报备手续。

七、公示与颁证

经过认定报备的企业名单会在相关网站上进行公示，接受社会监督。公示无异议的企业将获得高新技术企业证书，并享受相关的政策支持和优惠待遇。

需要注意的是，不同地区的具体流程和要求可能有所不同，企业需要按照当地科技部门的要求进行操作。同时，高新技术企业认定是一个复杂的过程，企业需要充分准备并认真对待每一个环节。