是的，EDI许可证每年都需要进行年检。根据《中华人民共和国电信条例》和《电信业务经营许可证管理办法》的有关规定，审批机关会在每年的1月1日至3月31日对已取得增值电信业务经营许可证的经营单位进行年检。

具体来说，全网EDI证需要在每年3月至6月在工信部进行年检，而地网EDI证则需要在每年1月至3月在省级通信管理局进行年检。年检的目的是确保企业仍然符合从事相关电信业务的条件和要求，以保障电信市场的秩序和用户的权益。

在年检时，企业需要提交一些必要的材料，如企业法人营业执照副本、EDI电信业务经营许可证首页、特别规定事项、年检盖章页等。这些材料需要真实、准确、有效，以便审批机关进行核查。

如果企业未能在规定时间内完成年检，或者年检未通过，那么EDI许可证可能会被注销，企业将无法继续从事相关电信业务。因此，企业需要重视EDI许可证的年检工作，确保每年都能按时完成年检。